재판부는 “현행법에 성별에 대한 별도 규정이 없으며 성 결정에 있어서는 생물학적 요인뿐 아니라 정신, 사회적 요소도 종합적으로 판단해야 한다”고 밝혔다.
이어 “정신과적으로 성전환증의 진단을 받고 치료를 받아도 증세가 호전되지 않음으로써 성전환수술을 받아 자신을 바뀐 성을 가진 사람으로 인식하고 외관과 성관계, 직업 등도 그 바뀐 성에 따라 활동하여 주위사람들도 바뀐 성으로 알고 또 허용하고 있다면 사회통념상 바뀐 성을 가진 것으로 평가해야 한다”고 판시했다. 또 “성전환자도 인간으로서의 존엄과 인간다운 생활을 할 권리가 있다”며 “호적정정에 관한 호적법 제120조의 절차에 따라 호적의 성별란 기재를 바꿀 수 있다”고 밝혔다.
이와 함께 “사회통념상 이름이 성별 구분의 기초가 되는 경우가 많으므로 성전환자에 대한 호적정정을 허가하는 경우에는 그의 이름이 바뀐 성에 맞도록 개명 역시 허가할 수 있다”고 덧붙였다.
한편 손지열, 박재윤 대법관은 반대의견으로 “호적법 제120조에 정해진 호적정정은 잘못 기재된 호적을 출생시에 소급하여 정정하기 위한 제도인데, 성전환자는 출생신고 당시 성별의 판정이 잘못된 것이 아니고 따라서 최초의 호적 기재도 착오라고 할 수 없기 때문에 호적법 제120조에 의한 호적정정의 대상이 되지 않는다”고 밝혔다.
이어 “일반 국민의 의견수렴, 심사숙고의 과정을 거쳐 국민의 대의기관인 국회가 입법적 결단을 통하여 결정돼야 한다”고 주장했다.
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