재판부는 결정문에서 “교육당국에서 졸업증명서 발급 등 소관 업무를 위해 개인의 인격과 밀접하게 연관된 것으로 보기 어려운 졸업생의 성명, 생년월일과 졸업일자 등을 NEIS에 보유하는 것이 기본권을 침해한다고 단정할 수 없다”고 밝혔다.
재판부는 “교육부 등이 개인정보를 보유하는 것은 업무 효율성 제고에 필요한 최소한의 정보만 보유하고 있다고 할 수 있어 개인정보를 무단사용했다는 점을 인정할 자료도 없는 이상 개인정보를 침해한다고 보기도 어렵다”고 설명했다.
재판부는 결정문에서 “교육부장관이 2003년 6월1일 발표한 NEIS관련 시행지침에 대해서는 헌법소원 대상이 되는 공권력 행사라고 보기 힘들다”고 덧붙였다.
민주노동당 구로을지구당 정종권 위원장 등 1984명은 NEIS 자체에 개인정보가 수록돼 사생활 침해 등 위헌적 요소가 충분하다며 헌법소원을 냈다.
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